A FAMED conta com dois comitês de ética em pesquisa. O primeiro, o Comitê de Ética em Pesquisa da Universidade Federal do Ceará (CEP/UFC/PROPESQ), vinculado à Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação, instituído em 20 de outubro de 2005, é  credenciado junto à Comissão Nacional de Ética em Pesquisa(CONEP) do Ministério da Saúde, e constitui um colegiado interdisciplinar, independente e normativo, com ―munus p blico‖, sem fim lucrativo, de caráter consultivo, deliberativo e educativo, criado para defender os interesses dos participantes da pesquisa em sua integridade e dignidade, obedecendo aos princípios da Bioética: autonomia, não maleficência, beneficência e justiça e visando contribuir no desenvolvimento da pesquisa dentro de padrões éticos (Normas e Diretrizes Regulamentadoras da Pesquisa Envolvendo Seres Humanos – Resolução CNS 466/12, II.4). O CEP é responsável pela avaliação e acompanhamento dos aspectos éticos de todas as pesquisas envolvendo seres humanos na UFC.

O segundo, o CEP do Hospital Universitário Walter Cantídio, que foi aprovado pela CONEP em 25 de abril de 2006 (Carta n°. 434 CONEP/CNS/MS). Desde então trabalha de acordo com a Resolução CNS/MS 196/96 por meio de um colegiado multidisciplinar com a participação de membros advogados, professores, enfermeiros, farmacêuticos, fisioterapeutas, médicos, psicólogos e representantes dos usuários do HUWC. O CEP do Hospital Universitário Walter Cantídio tem primariamente a responsabilidade de apreciar os protocolos de pesquisas a serem desenvolvidos no âmbito do Hospital Universitário Walter Cantídio, sejam eles acadêmicos ou clínicos. O CEP/HUWC, como todos os demais CEP do Brasil, está inserido na Plataforma Brasil e aprecia todos os protocolos que são encaminhados pela CONEP.

A Resolução CNS 196/96, item II.2, considera pesquisa em seres humanos as realizadas em qualquer área do conhecimento e que, de modo direto ou indireto, envolvam indivíduos ou coletividades, em sua totalidade ou partes, incluindo o manejo de informações e materiais. Assim, também são consideradas pesquisas envolvendo seres humanos as entrevistas, aplicações de questionários, utilização de bancos de dados, utilização de prontuários etc.

As pesquisas acadêmicas, bem como as pesquisas clínicas têm fluxos específicos no âmbito do CEP, sendo os projetos encaminhados as CEP via plataforma Brasil (www.saude.gov.br/plataformabrasil). Os CEP na UFC realizam pelo menos uma reunião mensal para apreciação dos protocolos de pesquisa e demais documentos que necessitem de apreciação ética e tem atendido adequadamente as demandas de pesquisa do PPC.